WTF?

Jouer contre le SIDA: Foldit


Vous vous en doutez probablement, mais je suis un geek. Je fonctionne sur Linux, je fais des jeux de rôle (en réel plus qu’en ligne) et je suis une personne très passionnée par ce qu’il fait – que ce soit de la bouffe ou de l’implication en général. Mais malgré tout, je ne suis pas un gros geek de jeux vidéos.

Quand j’étais petit, j’y jouais beaucoup, mais au cour des dernières années, j’ai eu des défis beaucoup plus réels et beaucoup plus intéressants à relever. Ce sont les jeux qui ont pris le bord, ainsi que la télé. Quand je travaillais à 15.5 crédits, en plus d’être président d’une association étudiante (pour la même tâche, plusieurs personnes ont un salaire et prennent entre un et 3 cours), on m’a demandé comment je faisais pour trouver du temps pour faire tout ça. J’ai répondu que je n’écoutais pas Glee. De toute façon, si tu as des amis qui parlent beaucoup, tu sais exactement ce qui se passe dans Occupation double. On n’a même pas besoin de l’écouter, c’est génial!

Mais j’ai peut-être tort en disant que de jouer à des jeux vidéos, c’est toujours une perte de temps. Je vais prendre l’exemple de Foldit, un jeu de modélisation en multi-joueurs. Le jeu est compliqué: on te donne la structure de base d’une protéine et le but du jeu est de la modifier pour en optimiser l’énergie. Plus les changements sont faits rapidement et plus la molécule est optimisée, plus tu as de points. Évidemment, le but du jeu est de finir avec une meilleure molécule que ses amis.

Ça sonne très geek. Et ça l’est! Mais ce n’est pas si fou que ça. Voyez-vous, Foldit fonctionne sur une interface de Rosetta, un simulateur de molécules bien réelles. Les joueurs, qui pour la majorité ne comprennent rien à la biochimie, travaillent donc à refaire des protéines existantes pour leur bon plaisir. Cela a permis, cette année, à des joueurs de Foldit de proposer un modèle pour la protéase rétrovirale du Mason-Pfizer Monkey Virus. Cette protéine est utilisée dans les expériences pour inhiber le VIH et sert à la recherche contre le sida.

Le tout a été proposé pour le CASP9 (Critical Assessment for Protein Structure Prediction). Le but de CASP est de voir si les gens sont capables d’arriver avec des modèles justes lorsque l’on parle de la structure des molécules. CASP demande donc à des équipes scientifiques d’utiliser leurs modèles pour prédire la structure de molécules sur le point d’être découvertes afin de vérifier si ceux-ci sont suffisament fiables. Durant le CASP9, des joueurs de Foldit ont donc tenté de reproduire des molécules dont personne ne connaissait la structure en jouant à un jeu vidéo.

Les joueurs ont vite remarqué que les limites du jeu ne leur permettaient pas de tenir compte de certains facteurs à cause de l’interface Rosetta. En gros: les limites du jeu sont trop restreintes.

Par contre, dans le cas où la base d’une molécule était bien déterminée et qu’il ne restait que quelques points à optimiser, l’équipe de joueurs de Foldit arrivait à générer des résultats plus réalistes que la majorité des modèles scientifiques. Pour le cas du Mason-Pfizer Monkey Virus, les joueurs de Foldit ont d’ailleurs proposé le modèle le plus proche du résultat réel, qui fut confirmé en laboratoire plus tard. La prestigieuse revue Nature (plusieurs scientifiques tueraient pour y publier une découverte) leur a donc concédé un article scientifique.

Cet article m’a rappelé une conférence Talk sur les jeux vidéo. Actuellement, on passerait (ensemble) 3 milliards d’heures de jeu vidéo par semaine, soit 5,700 ans. Si on additionnait le temps passé par les gens à jouer au jeu World of Warcraft, cela équivaudrait au temps entre maintenant et l’arrivée de nos premiers ancêtres humanoïdes.

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